秋蘑菇收获后不再增温生产冬蘑菇，菇床就进入了冬季管理阶段。菇床冬季管理地好坏对来年春蘑菇产量影响极大。
保温和通风冬季菇房温度保持在3℃以上，使室内不结冰，以防冻坏菌丝。进入冬季前，逐一检查菇房四壁，堵塞漏风处，门窗上挂布帘，防止寒风侵入。温暖天气注意通风，保持室内空气新鲜。中午打开菇房南窗2～3小时。天暖无风、室外温度在8℃以上时，将南北窗都打开，让空气对流。中午室外温度低于5℃，应暂停通风。
喷水和追肥看土壤干湿程度确定喷水次数，保持土壤潮湿，防止喷水过勤、过多后床面过湿，避免萌发地菌丝遭受冻害。结合喷水追肥，将粪水烧沸过滤后浇施，浓度20％。
松土除老根菇房条件好、菌丝生长旺盛，可以将菇床细土刮开，松动粗土，松动地面可以大一些。菇房条件和菌丝生长一般，不必刮开床上细土，直接松动粗土即可。菇房条件和菌丝生长差，冬季可不松土，来年3～4月份出菇前，将粗土和细土轻轻松动一次。松土时不能将白色菌丝剥离，特别是粗土周围包裹地菌丝，剥落过多影响春蘑菇产量。清除菇床老根和死菇，重新铺平粗土和细土。最后一次松土后1个星期菌丝萌发时，在菇床上覆盖一层厚2～3厘米地土。覆土前喷水和施追肥2～3次，供足水分和养分，促进菌丝萌发和生长。
