1、基部三主枝选留太低。现在大部分盛果期园子，基部三主枝位置都在离地面20—30厘米左右，这既影响地下管理（土壤管理，病虫防治），又影响果品质量，特别是下部主枝距地下根系分布较近，水分养分供应充足而常常发生下部枝条生长特别强旺，相应地对全树造成下强上弱现象。
2、长势不均衡。这是因为在同一年或相差一年所选配的同一层主枝长势强弱不一，差异明显，这样的枝条在修剪时若再不加以人为调节（抑强扶弱），就会造成旺的越旺，弱的越弱，势力悬殊过大，出现越长越不平衡。这里特别要强调指出的是：有的果农在选留主枝时，根本不考虑树体的上强下弱、下强上弱，以及主枝之间的均衡关系，而是一味地爱大枝，选大枝，见大枝就留，见大枝就中截，这样便越发助长了大枝的枝量及势力，以至就会发展成为“霸王”枝，最后达到养蛇成龙，使中央主干也畏其三分。
3、竞争枝处理不当。当前表现最为突出的是在中央主干上，用竞争枝当主枝选留。因为竞争枝是骨干枝或中干延长头，剪口下第二芽，其生长特别强旺，并与剪口下第一芽势均力敌，而且它与中央主干或主枝轴所夹的角度极小，这类枝条如果在夏管中未及时地管理控制，如抹芽、摘心、扭梢、捋枝软化、开张角度等，而到冬剪时再不进行疏除或台剪，就不得了。如果将其再选为主枝，那就大错而特错了（需要注意，在夏管中已经加以控制，从生长势上已明显转弱，则不再属于竞争枝的范畴，若是这种情况也可选其为主枝）。因为若竞争枝选为主枝后，其一，生长势特别强旺，以后难以进行控制，并会出现同层主技之间在生长势上的不均衡现象；其二，与中央主干所夹的基角极小，难以开张，一旦挂果量剧增，以及遭受大风或人为采摘时，基部易壁裂。所以，一旦将其选作主根，就会造成很大的后患，甚至一直影响到整个果树的一生。因此，正确地修剪处理竞争枝，在苹果树整形修剪技术上是仅次于对中干或主枝修剪的一个非常关键的问题。并且由于竞争枝的处理不当，已经是当前果树修剪中最普遍、最严重、以及最头痛的一个大问题。
4、主辅不分，大枝过多，骨架结构混乱不堪。现在无论走到哪个果园，随时都会发现主辅不分，大枝太多，不少树已经进入盛果期还没有适期分离出比较清楚的骨架结构。造成这种现象的原因有二：一是辅养枝长放结果以后，没有及时地回缩、疏除、甚至削膀，又没有从开张角度上拉平下压及方位角度上让空干主，便造成——辅养枝越放越大，主枝越长越没空间。从外观上看，主枝辅养枝粗细基本一样，相差无几，而且从基部到稍部的尖削度很小，即前后通匀，这样的主枝结构在果树学上称为：骨架结构不牢固。另一种是当前农村有几种错误的剪法即：（1）见枝齐打头，造成枝枝都长，不分主次强弱；（2）光打主枝头。不打侧枝头，造成主枝扩展较慢；（3）主侧枝都不打头或修剪过轻，是造成主枝不旺，辅养枝不辅。我们在部分果园修剪时发现，有人打侧枝头而不打主枝头；有人在修剪主枝时，竟将延长枝剪口下留长达90—100厘米左右，造成主枝上的延长枝生长极弱，仅发中短枝；同时有些人在修剪时，干脆不打主枝头也不打侧枝头，而在中干延长枝上也打的很弱。以上所有实际例子都是造成主枝不旺，辅养枝不辅，主辅不分，树体骨架混乱的直接原因。另外，再加上有些果农户不会管理，甚至错误管理，也是很重要的因素。以上几类农村修剪方法，所修剪的树虽然能够在第三、四年时，早结果、多结果，但是经过连年的长放，无论是主枝还是辅养枝，其基部和中部往往光秃、老化，校组全部外移，这样的树内膛空虚、无枝、结果部位缺乏，外围枝多密蔽，整个树冠通风透光不良，当进入初果期特别是盛果期以后，树势生长一弱，整个树体产量急剧下降，到那时主枝体积较小，挂不上多少果，辅养枝要往回缩，一时又很难助效。
5、拉枝普遍不到位。果树拉枝虽然属于夏管中的主要技术措施。但在这里必须特别提到，因为现在绝大多数果园无论是在新栽1—2年生的幼园，还是在进入初果期的园子中，都出现了一个很大的错误，就是见枝齐拉，乱拉枝，不分主辅，一律拉到水平或拉到下垂状态，更有甚者将主枝头拉的转了向（与原枝轴延伸方向远离或偏离）。还有个别果园户主将整个树冠即中央主干的头部横拉一绳，使其倒向一边，直接或者严重地影响到树冠骨架结构的选择。以上所举全是实例，在生产中特别突出，不是一个小问题。
6、层间距离偏小。过早地选留二层主枝，直接造成上下层间距过小，通风透光不良，果品质量差，又造成上部枝梢量增加过快，一二层枝量比例失调，特别是对于干性特别强的秦冠、红富士等苹果，极易出现上强下弱现象。而且直接影响下部主枝的扩展及生长。
