霉菌污染问题的存在，使黑木耳袋料栽培长期不能取得突破性的进展，产量不稳定。必须选用适合袋料栽培、抗杂性强的品种，改进、提高制种和栽培工艺，实行以防霉为中心的综合管理措施，以期达到抑制和减少杂菌污染、实现优质高产的目的。结合近年生产实践介绍如下主要措施。
1优质良种的选备
良种是获得高产的首要条件，选用自分或外购916、8803母种，其抗杂能力强，菌丝发育整齐、浓白、活力强，定植、封面快，培育条件适宜，以17×33×0.55cm菌袋所制栽培种30～45天长满袋。地栽选用能适期满袋、菌龄适宜、无杂菌侵染、无积黄水、菌丝体柱丰满、贴壁的菌种。
2出耳场所及栽培方式的选择
出耳场地宜选近水源、便于管理、远离污染源、背风、向阳的平缓地域（撂荒地、毛草坪较好）。
选择床式地栽。一般南、北向做台式床，宽1.2m，台高10～15cm，床面龟背形，上铺一层3～5cm厚的细沙或碎炉渣，床间作业道宽0.6m。于床上架距床面高45～50cm的棚架、摆放枝条、杂草类遮阳物，最好用遮光率80%～85%的遮阳网。棚下以架条拱起宽2m的薄膜，留少量膜边透气，不压实。顺床面布设1～2条幅宽5cm软质自动喷雾管，催芽期微孔口面朝下，润湿床面，待耳芽出齐、封住割口后，返微孔口面向上，雾化喷水管理。没自动喷水管，催芽期可侧沟内铺膜灌水，以宽膜罩沟保湿；出芽后侧向喷水。
3摆袋出耳时间的选择
依据黑木耳生长、发育对环境条件的要求及本地气候变化规律，经反复栽培实践证实：为适季完成袋料营养生物转化周期，实现丰产，大兴安岭只适于返季节一茬栽培；南部地区适宜5月中、下旬进行畦床摆袋。
划口摆袋应避开雨天、大风天，宜选雨后或早、晚清凉时作业。
4坚持对病虫害以预防为主的管理
摆袋前，对出耳场床面作杀虫、灭菌处理，喷施0.2%多菌灵或1%石灰液；菌筒划口前于0.3%高锰酸钾液或1%石灰液中整体浸蘸3～5分钟，进行袋膜外表及扎口处灭菌，去扎口绳（或去封口无棉盖体），将多余袋口膜塞入接种孔，塞紧，使膜体附实。倒置菌筒，使口端向下，以消毒刀片。在筒侧以“品”字形排列，按边长1.5～2.0cm、深入菌膜2～3mm，划“V”形口9～12个。将划口菌筒以10×10cm间距，浅穴倒置于床面，并及时将经过消毒的塑料膜，覆盖于拱架上。对遮阳物及床周围清洁管理，清除污染源。栽培过程中若菌丝体少部分污染，可剔除污染菌体，并涂2%石灰水处理；严重污染者及早清除。
5综合管理、促进发育
保持合适的温度、湿度、光照、通风，促进菌丝和耳片健壮生长，这是在出耳期间预防杂菌污染最切实、有效的办法。
5.1湿度调控催芽、育耳期空气相对湿度始终是管理的中心要素。割口后至原基封口前为易感染期，切忌往袋口直接喷水或淋雨，靠罩膜后湿润床面或侧沟液面蒸发，使空气湿度达75%～80%，通过微喷管向床面日施水2次；幼耳期逐增至80%～85%，日向上喷施雾化水2～3次；成耳期达85%～92%，日喷3次，且延长每次喷施时间。以上3期所需湿度值为所适区间，在每阶段、每天要视发育状况和天气变化，采用增减遮阳物、开起边膜通风等动态管理措施，达到干干、湿湿，干湿交替、仿野生良性发育佳境。
5.2温度管理采用搭低棚遮阳，结合罩膜保温、增湿的地栽工艺，并结合不同发育阶段生长发育的需要，采取适时喷水、适期调控遮阳度、通气量，就能较好地创建满足木耳适温发育所需。原基形成及幼芽期保持在15～20℃；成耳发育期保持在18～24℃。
5.3光照适度出耳发育需大量散射光和一定量直射光，棚架遮盖物遮光率80%～85%较适宜，且低温期适当增大光照，高温期相应加大遮阳。采耳后或连雨高湿之后，需将菌袋去遮盖物进行日晒处理。
5.4及时通风透气罩膜能保温、保湿，木耳是好氧性食用菌，其菌丝纤弱、子实体胶质，较其它食用菌更不耐高温、高湿及二氧化碳积累量大且超时过量。若管理不慎，极易造成菌丝体损伤、杂菌侵染。出耳期要切实加强监控，做到适时透气。
以上措施需综合考虑、协调实施，既要有基本量化管理要求，又要视具体时节的环境条件进行动态调控，创建优良的生长环境，促进木耳良好发育。
6采摘及后期管理
当耳片展开、边缘呈波状、颜色变浅、耳根收缩或腹面出现少量白色孢子粉时，要及时采收。一般从出现耳芽到耳片成熟需15～20天。
采后停止喷水、去掉遮盖物，日晒3～5天，使菌丝体恢复生长，之后进入二茬出耳管理。头茬大、耳厚、色深，单袋干耳产量35～50g，占总产量50%左右。此后，菌丝体抗性及营养积累能力减弱，又进入夏季，需加强通风透气，严格监控，使拱棚下气温在28℃以下。
一般每批袋料可收3～4茬黑木耳，至当年9月中、下旬，完成培养料营养物生物转化出耳的全过程。
