山楂品种间耐藏性不同，山东大金星、敞口、歪把子红等耐贮藏，可贮藏到翌年的3～4月份，而辽宁金星红山楂只能贮藏一个月左右。
用于贮藏的山楂应在果实充分成熟的前几天采收，此时果皮完全转红，果点明显，果面有果粉和蜡质，涩味基本消失。
山楂在贮藏过程中易发生腐烂、后熟发绵、失水皱缩现象，因此保存好山楂的技术关键是：防腐、气体调节、保湿。山楂贮藏最适宜的条件为；-2～2℃，相对湿度为85%～90%，气体成份为氧2%～4%，二氧化碳0～5%，伏山楂二氧化碳可控制在8%以下。
在贮藏前用4%～6%氯化钙，30%多菌灵800倍溶液浸果或50倍保果灵（含25%仲丁胺）液浸果0．5～1分钟，在常温下贮藏7个月，其好果率可达87%。
贮藏方法有：
（1）传统土法贮藏。较普遍的为埋藏法和沟藏法。埋藏：在背阴处挖直径为67厘米、深1米的圆坑，坑底铺16厘米厚的干净河砂，将果实倒在砂上，铺厚约34厘米为一层，上盖4厘米厚的细砂，再放第二层果，厚度也为34厘米左右，上盖8厘米厚细砂，以后随着降温加厚细砂覆盖层，最后略高于地面。细砂要有一定的湿度，即手握成团但挤不出水为宜，此法可贮藏到翌年的4～5月份。沟藏：又分为半地下沟贮藏和地下沟贮藏。均要求选干燥阴凉处挖深34厘米（半地下）或67厘米（地下）、宽67厘米的沟，长度不限。沟底及四周铺上用石灰水或其它消毒液浸泡过又晾干的树叶，将山楂果实轻倒上面，顶部堆成圆弧形，使弧尖高于地面，上铺6～10厘米厚的树叶，再盖草席或稻草。贮期要注意保湿和防热（冻），霜降后要逐步增加上面覆盖物厚度，沟内温度应保持在0～2℃，一般贮5～6个月。
（2）简易气调贮藏。需要有温度较合适的冷库（窖）做保证。产地一般采用改良式通风库或冷凉库进行。用厚0．08毫米聚乙烯薄膜做成的硅窗袋，或用0．03～0．05毫米厚聚乙烯薄膜制成普通袋，贮藏期保持果温0～-2℃，袋内湿度90%左右，通过果实自发气调保持袋内适宜气体成份，当袋内氧气低于2%，二氧化碳低于5%时，要开袋放气，如果袋内放25：1（果重：高锰酸钾载体）的乙烯吸收剂做保鲜剂，可进一步延长贮藏期，此法果实失水少、硬度大，营养成份损失少，加工及食用品质好，贮期可达6个月以上。
（3）碳分子筛气调贮藏。用厚约0．02毫米的高压聚氯乙烯薄膜粘合成2．5×1．5×4米的塑料大帐。果实放入周转箱或筐中入塑料大帐中，进行碳分子筛气调贮藏。并利用调整开、关技术，把气体成分控制在氧气3%～5%，二氧化碳小于2%于0～0．5℃下贮藏，利用此法贮藏7个月，其好果率达95%以上。
