牡丹植株生长到一定年限后，可以通过分株来繁殖后代，同时也是对成年植株的一种更新。为了提高分株的成活率，分株时间宜在9月下旬至10月上旬进行。这一时期内分栽的牡丹，因土温、气温都还较高，根部伤口容易愈合，并能很快长出新根，这样下年春就能为开花提供水分和养分。如果分栽过迟，根部伤口难以愈合，第2年早春发芽后，生长、开花需要大量水分和养分，而这时根部尚未生根或很少生根，导致水肥供不应求，轻则使植株生长不良，无法开花，重则使植株姜蔫死亡。但分株也不能过早，分株过早，气温过高，容易引起顶芽萌发，消耗养分，进而影响翌年生长和开花。
分株时应选生长健壮的四五年生植株作母株，由于牡丹的根系较脆易折断，故将母株从土中挖出时要细心，挖出后轻轻抖去浮土，置阴凉处晾2～3天，须根变软后再用利刀从自然分枝的连接部位劈开，剪除老根，每3～5个枝条分割为1株，每株至少要带有2～3条根，伤口处涂以木炭粉防腐，按原栽位置栽入露地或花盆。
