种子消毒常用杀菌剂、杀虫剂及杀菌与杀虫混剂处理等。
1、物理消毒法种子消毒的方法有物理法如日光曝晒、紫外光照射、温汤浸种等。日光曝晒仅适于那些在日光曝晒下不易丧失发芽率的花卉种子。温汤浸种，一般水温为40~45℃左右，浸种1天。该方法适于黑松、侧柏、苦株、油松、落叶松等。
2、化学消毒法为了防治种传病虫害，化学消毒是十分必要的。目前用于花卉浸种处理的化学药剂有:氰孤甲汞、醋酸甲氧乙汞、福尔马林、高锰酸钾、多菌灵、福美双、硫酸亚铁、硫酸铜、退菌特等。药剂浸种可以处理花卉林木的种子、球茎及根系等。浸种后要把种子贮藏于密封的仓库或房间中24小时后才能播种，且浸神后需要干燥。
(1)硫酸铜、高锰酸钾溶液浸种:适于针叶树种和阔叶树种及多数园林植物的种子处理。①0.31%硫酸铜浸种46小时;②0.5%高锰酸钾浸种2小时。
(2)甲醛浸种:0.15%甲醛，在播前1~2天浸种15分钟，取出种子密闭2小时，摊开荫干即可。注意甲醛对人有毒，使用时要注意防护。
(3)药剂拌种①甲基托布津(别名为甲基硫菌灵):50%或70%的可湿性粉剂拌种，可防治苗期病害，如金盏菊、瓜叶菊、凤仙花的白粉病;樱草灰霉病;兰花、万年青的炭疽病;鸡冠花褐斑病;百日草黑斑病等。②辛硫磷:防治地下害虫，可以用50%的乳油拌种，用种子量的0.1%~0.15%.③五抓硝基苯混剂土壤施用或拌种:五抓硝基苯与敌克松按3:1的比例，在播种前施于土壤2~6克/米，或敌克松用种子量的0.2%~0.5%拌种，可防治立枯病(如松柏类等)。④赛力散(过磷酸乙基汞)拌种:在播前20天进行，2克/千克种子，拌种后密封贮藏，20天后播种，有消毒和防护作用。适于针叶树种。⑤西力生(氯化乙基汞)拌种:用1~2克/千克种子，适于松柏类种子消毒，并且有促进发芽的作用。⑥其他如多菌灵、福美双等拌种:例如香雪兰种球在收获清理后要马上消毒，在贮藏前用30℃热处理10~15天，并且用50%的福美双粉剂1000倍液拌种球，也可以用50%苯来特1000倍液拌种球，晾干后贮藏。可以有效防治镰刀菌产生的病害，如球茎腐烂病等。
唐菖蒲种球消毒，用50%多菌灵500倍液浸种球30分钟，再以50%福美双500倍液拌种球后播种栽植;或者用敌菌丹(I升水加480克1%敌菌丹胶悬剂)加腐霉利(1升水中加500克0.2%腐霉利)浸泡10分钟，要不断搅拌，防止沉淀，以免影响药效。
