有5种方法：
一、瓶装发酵料。在培养基的上方离瓶口4厘米处装入1-2厘米深的发酵料，再灭菌。其优点是杂菌不易浸染培养基，并且菌种的菌龄一致。污染率可降在30%以上。
二、麦粒发芽法。让麦粒发芽后再装瓶灭菌。即一次性让做菌种的麦粒发芽，芽的长度为麦粒长度的1-2倍，再充分晒干贮存。到做菌种的前1天，浸泡麦粒12小时，直接装瓶灭菌。其优点是省去煮麦粒的过程，发菌快，杂菌少，污染率在2-3%。
三、使用液体菌种。污染率可降至2%。
四、从原种瓶的下部接菌。污染率可降至3%。建议将正常原种瓶口上部1/5的原种弃掉，防止肉眼看不到的杂菌污染栽培种。
五、高温季节，接菌时间提前或延后。在一天中气温较低的时段接菌，如早晨或晚上。在有空调的室内接菌效果更佳，污染率5%以下。
