病虫害防治整个生长期易受枯萎病、蔓枯病、白粉病、霜霉病、病毒病，及蚜虫、蓟马、斜纹夜蛾、甜菜夜蛾、美洲斑潜蝇、黄守瓜及其幼虫的危害。一般情况下，生长中后期均采用防虫网覆盖。
枯萎病可用嫁接的方法防治。蔓枯病是网纹甜瓜栽培上主要的病害，除了注意通风降低大棚内湿度、及时而适时整枝外，可用使百克、冠菌清、甲基托布津、世高或雷多米尔加托布津调成浆糊状，用牙刷上下反复刷几次进行防治。
白粉病可用福星、朵麦可防治。霜霉病可用大生、杜邦克露防治。病毒病可用病毒A等防治。根结根结线虫、线虫多发地区，从苗期开始预防，用5%好年冬颗粒剂、乐斯本等药拌营养土，定植前每亩施1—2公斤5%好年冬于定植沟内。黄守瓜幼虫、美洲斑潜蝇、甜菜夜蛾、瓜蓟马等害虫可用农地乐、快灵、虫螨克、马灵、好螨克等防治。
