生物菌肥是从自然界中采集到的固氮活性菌种，经科学配方、组合加工研制而成的一种无公害新型复合生物肥。要发挥其最佳效能，应注意五个方面的问题。
一要注意施用土壤对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不撒施，可采用喷雾的方法，效果更明显。
二要注意施用温度，施用菌肥的最佳温度是25℃—37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌最适温度土壤的含水量是60—70%。
三要注意混合施用，千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）、稻草灰以及未腐熟的农家肥混合使用，因为这些农药、肥料容易杀死生物菌。在施用时，若施用菌肥与防病虫、除草相矛盾，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。
四要注意施用数量，用生物菌肥取代化肥应做到第一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%。磷、钾肥只能补充，不能减少。因农作物对化肥产生了依赖性，不能一下子适应。
五要注意施用时间，生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的营养临界期和大量吸收期前7—10天施用效果最佳。
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