番木瓜最普遍危害最严重的病害是花叶病。它是由病毒引起至今还没药物防治的植物“癌症”。苗期发病，叶片出现畸形，如鸡爪型。严重时叶肉退化，只剩下叶脉，形成条状，再也长不出新叶；中期发病，嫩叶变黄，生长缓慢，严重者叶片枯黄脱落，影响开花结果；后期（即结果后）发病，叶片畸形，树干、茎及果实有环斑，影响果实的外观及品质，严重时果实不长，表皮起瘤状，品质变硬，味苦；成熟期几乎全面发病，故植株抗性极差，容易感染炭疽病，造成烂果多，同时叶片易干枯脱落，缩短收获期限，严重影响经济效益。还有植株容易受冻害，过不了冬。
另外，人们为了减少花叶病为害的损失，都集中采取“冬播、春植、秋收”的播种方式，故造成播种、收获期较集中，出现产品“烂市”的现象。
为了克服上述病害所造成的现象，广州市磨碟沙良种木瓜制种基地长期以来，利用杂交育种，以杂交第一代的杂交优势提高抗病能力和耐病性，但还未能从根本上取得抗病的效果。近年来，该基地与中山大学生命科学院合作，利用优良品种“园优一号”的亲本“岭南种”，经过生物工程处理，使其具有抗花叶病的抗体，并能遗传给后代。经过多年的杂交选育，成功培育出集丰产、优质、早熟、矮化、抗病于一体的“抗优”新品种。
