入库的菜籽参照以前标准，可按纯度、无机杂质含量和水分含量来分级。
油菜籽纯度分级
分 级
纯 度（%）
无机杂质含量（%） 水分的最高含量（%）
1
97-100
0.5
9
2
95以上
1.0
11
3
93-94
2.0
11
油菜籽只要有一项不符合高一级的规定要求，就归入相当的次一级。
质量不好的种籽在下列情况下即归入不列级的：种籽有腐烂的或发霉气味的种籽，自行发热的种籽以及有15%的发芽率的种籽。此外，含夹杂物10%和湿籽(水分高达15%)以上的也属于质量不好之列。
油菜籽根据含水量分为：干燥的含水分9%以下；中等干燥的含水分9-11%；潮的含水分11-13%；湿的含水分13%以上。
根据油菜籽中无机杂质的含量，按纯度规定三种等级：纯净的、中等的、夹杂的。
油菜籽入库时，要取样验收。根据种籽的湿度和纯度，分别储藏。含油量大的种籽适宜储藏在容量不大的仓库中，以预防它们自行发热。
各包的各个不同深处装上温度计，注意水分变化。壁蚤是十字花科种子最危险的害虫。在油莱籽及其它十字花科种子中，当水分含量过高时，壁蚤的繁殖特别迅速。
遇有受壁蚤侵袭的种子，要经干燥处理。另外应预防种籽自行发热，因在种籽自行发热时，硫代葡萄糖甙会水解生成芥子香精油，引起贮藏菜籽中油脂发生质变。
油菜籽的各种自行发热的型式可分成局部的、沿壁的、底层的、上层的和全面的，在通常情况下，种子的局部自行发热是非常危险的，因为它较难被发觉。它们是在储藏好籽时，不仅装入一些湿籽的情况下发生的。
底层自行发热是在仓库中存有地下水时发生的。它浸渗种子的下层；上层自行发热发生在种子的顶部，大都是由于屋顶有毛病或缺乏通风所致；沿壁的自行发热是受邻近仓库中自行发热的种籽的影响而发生的；种子全面的自行发热是在贮藏含有显著的高水分的种子，并在贮藏时没有加以应有的照料下发生的。
如果在仓中发现开始有自行发热的现象产生，应即出仓分选和干燥。
为了避免散落种子，往往在油莱未完全成熟时，即当角果尚未干到张开的时候就该收割。在此情况下，种籽应放置在打谷场上使之成熟。如果此时遇雨，则种子在贮藏前必须进行干燥，仓库应仔细消毒，在发现有害虫时，应及时用药剂加以处理。
水分含量高的油菜籽干燥时应注意，温度太高会使种子中的硫代葡萄糖甙水解，并使芥子香精油转入种子的油分中。油菜籽干燥的温度不得高于80-85℃。
