根据莲藕对水位的适应性可分为浅水藕和深水藕两种生态类型。浅水藕适合水位１０－２０厘米，最大耐水深度３０－５０厘米；深水藕适合水位３０－５０厘米，最大耐水深度１－１．２米。
浅水藕水层管理总的原则是：前浅、中深、后浅。在栽藕后到立叶出现时，应保持浅水，以提高土温，促进发芽，一般保持４－７厘米深的水层为好。随着立叶的出现，莲藕茎叶生长逐渐转旺，水层要逐渐升高到１２－１５厘米深。当终止叶出现后，表明植株开始结藕，水层要逐渐降低到４－７厘米深，促进结藕。深水藕的水位不易调节，主要是防止汛期受涝，特别是立叶淹没后，应在８小时内紧急排水，使荷叶露出水面，以防淹死。
在莲藕生长过程中，尤其是浅水藕生长前期，水田内眼子草、牛毛毡、矮慈菇、三棱草、四叶萍和黑藻等杂草较多，会影响莲藕生长，应及时除去。
一般可用５０％威罗生乳油，在莲藕立叶高出水面３０厘米时，取药１００毫升，先拌５公斤尿素，再加５公斤细土，充分拌匀后，于露水干时撒施田中。施药时，藕田保持水深７－１０厘米，施药后保持水层一周以上，效果良好，残效期可达１个月以上。也可选用１２．５％盖草能或３５％精稳杀得４０毫升，加水４０－５０公斤，充分拌匀后，于露水干时喷洒在杂草叶面上，经过４天，可杀死大部分３－４叶期的禾本科杂草。
