番茄的大多数生理病害，与营养条件有直接或间接关系，如脐腐病直接与钙素营养缺乏有关，而畸形果等，不仅与营养过剩有关，还由于日照、气温等因素间接地影响营养元素的吸收而造成危害。
1 畸形果
畸形果是在花芽分化过程中发生的，与花芽分化前期营养状况有关，生长点部分营养积蓄过多时，易使花器畸形。营养的积蓄是由于养分与水分吸收过多，同时环境温度过低，呼吸消耗少所致，所以在花芽分化期应尽量避免养分和水分过多和低温。
育苗期光线不足，吸收无机营养少，畸形果也少，但产量低，所以要注意光照、温度和养分间的平衡。保护地早熟栽培、露地早熟栽培的第一至三花序上部易发生畸形果，而秋延后的抑制栽培中发生较少。
2 空洞果
空洞果是胎座组织生长不充实，果皮部和胎座种子胶囊部分隔离间隙过大，种子腔成为空洞，对果实的重量和品质影响很大。有时激素使用过多也容易形成空洞果。一般当养分吸收过量，特别是氮素过多，而温度低于5℃出现空洞果的比例大，温度高于12℃时，虽然施氮较多，也不易出现空洞果。此外，胎座的膨大充足也与种子的有无有关，因为种子在形成过程中，可以分泌激素，刺激果实膨大。使用激素后，果实内没有种子形成，也易助长空洞果的出现。因此，在栽培上，如果使用人工激素提高座果率，也应同时进行振动授粉，使之形成少数种子，有利于减少空洞果的发生。保护地中光照不足和地温过低，根系受到损伤，而使果实内部都得不到充实时，也易形成空洞果。
3 脐腐病
脐腐病主要是土壤中钙素不足，或由于番茄体内生理缺钙而引起。过量吸收氮、钾和镁易形成钙的不足。此外，雨水不足，灌水较少，空气干燥时脐腐病果发生较多，在栽培上要防止氮肥过多和土壤干燥，在谢花期至幼果期应喷洒0.4%～0.7%氯化钙于番茄果面上。连续阴雨突然转晴后，应注意喷水、遮光，防止植株萎蔫。
4 网纹果
果实接近着色期，从外观上可以看到网状的维管束，这种现象多出现在春季到初夏时期。尤其在多肥条件下，地温较高，而且水分多，土壤中肥料易于分解，植株对养分吸收急剧增加，果实迅速膨大，最易形成这种果。应注意基肥尤其氮肥不宜施用过多，保护地内应加强通气换气，防止气温上升。
5 主茎异常
在高温干燥、灌水过多、生长旺盛时易于出现。主要原因是茎部钙素缺乏，氮素施用过多。所以浇水不要过多，或地面覆盖稻草等，以降低地温。
6 筋腐果
筋腐病有白筋病和黑筋病2种。白筋腐病果主要是幼果期(直径2cm)感染番茄花叶病毒所致。黑筋腐病果则是亚硝酸盐中毒和缺钾引起的。栽培上氮肥施用过量和光照不足时，易发生此病。因此，要提高保护地的光照强度，注意通气换气，避免过分施肥，并要提高地温。
