第一节根
彩色甜椒的根系与其他植物的根系一样，主要是由主根、侧根和根毛等部分组成的。根系的主要作用除了从土壤中吸收、输送水分和养分，制造多种有机营养物质和微量活性物质，供应植株地上部分生长发育的需要以外，还起着固定植株、支撑植株不倒伏的作用。同时，根通过地上部分得到光合产物、代谢产物和微量活性物质，维持它的生长，发挥它的功能。彩色甜椒的主根长出后，多级分杈，最先生成一级侧根，再由一级侧根分杈形成二级侧根，一直不断的分杈形成庞大的根系。
彩色甜椒属于浅根植物，主根在疏松的土壤中可深入土层50厘米。移植的彩色甜椒由于主根被切断，深度一般为25－30厘米。而且主根被切断、伸长受到抑制后，促进了侧根的生成，不但发生早而且发生多。彩色甜椒植株的根系主要分布在5－25厘米土层内。为了保护好根系，移苗应尽量提早，因小苗的根系再生能力比大苗强，最好在花芽分化以前(三片真叶)进行。
彩色甜椒的根系与其他茄果类蔬菜如番茄、茄子比较相对较弱，木栓化程度高，再生能力差，根量少，茎基部不易发生不定根(图1)。彩色甜椒的根系抗逆性差，既不耐旱，又怕涝，对氧气的要求也很严格。另外，对土传病害抵抗能力较差。所以在进行彩色甜椒栽培时，宜选择通气性良好、土壤洁净的肥沃土壤。栽培时尽量采用护根育苗，如用塑料营养钵或穴盘育苗。采用营养土方育苗的应在定植前囤苗，目的是促进白色新根的发生。
良好的根系——壮的主根、数量繁多的侧根、发达的根毛，无任何病原菌侵染，是彩色甜椒高产的最基本的前提条件。根系深入土层，在土壤中均匀分布，才能够吸收足够的养分，供应地上部分生长，保证枝繁叶茂、多结果。
第二节茎
彩色甜椒茎直立，分枝习性属于无限生长、无限分枝型，多数品种一般在着花部位生出两条分枝，并且在分枝的第一节着花，从这里再发生两条分枝，以后就如此反复进行下去(图2、3)。一般其中一条分枝相对较强，另一条相对较弱，特别是植株的中上部这一现象尤为明显。有的品种也有出现三杈甚至四杈分枝，一个原因是品种自身的特性，不同的品种分枝特性也各不相同(表1)；另一个原因是由于温差较大、肥力充足、植株生长健壮。
表1彩色甜椒不同品种分枝特性
品种名称
分枝特性
绿水晶
2－3杈分枝均有，肥水充足时3杈居多
红水晶
2－3杈分枝均有，3杈居多(2粗1细)
橙水晶
2－3杈分枝均有，3杈居多(1粗2细)，个别植株有4杈分枝
紫晶
2－3杈分枝均有，2杈居多
白玉
2－3杈分枝均有，2杈居多，3杈分枝极少
黄玛瑙2－3杈分枝均有
彩色甜椒各个品种主茎的每节均可以抽生侧枝，而且也可以开花坐果，但开花结果较晚，同时侧枝过度生长消耗养分，影响田间通风透光，因此对于易发生侧枝的品种，应该及时进行整枝打杈，以保证营养生长和生殖生长的均衡。
在苗期形成前期的分枝，后期的分枝情况受结果期的栽培条件影响较大。均匀而强壮的分枝是彩色甜椒丰产的必要条件，给彩色甜椒品种创造适宜的环境条件，保持植株不断地旺盛分枝，有利于彩色甜椒的丰产。
