主要病害及其病原菌的存在部位
猝倒苗，病原菌潜伏在种子内部。立枯病，菌丝体潜伏在种子内部，菌核附着在种子表面。辣椒细菌性斑点，细菌附着在种子表面。辣椒病毒病，病毒存在于种子表面。辣椒绵疫病，存在于种子内部。辣椒黄萎病，存在于种子内部。
防治方法
温汤浸种用60℃的热水浸种，水量为种子量的3倍，先将种子缓慢倒入，边倒边搅拌，待温度降到25～30℃时，浸12～24小时。此法对种子传播的病害均有控制作用。
硫酸锌浸种用浓度为0.20％～0.40％的硫酸锌溶液，在20～25℃条件下浸种12小时，此法对辣椒病毒病有抑制作用。
磷酸三钠浸种先将种子放入清水。浸泡3～4小时，然后移入10％的磷酸三钠溶液中浸湿30分钟，取出用清水冲洗干净。此法可杀死或纯化辣椒病毒。
硫酸铜浸种先将种子用清水浸10～12分钟，再用1％的硫酸铜液浸泡5分钟，取出后用清水洗净。此法可防甜椒炭疽病和细菌性角斑病。
多菌灵浸种用冷水浸3～4小时后移入50％的多菌灵可湿性粉剂的500倍液中浸1小时，用清水洗净。可杀死或纯化辣椒病毒。
次氯酸钠浸种用1％的次氯酸钠浸种5～10分钟后用清水洗净，可防辣椒疫病、黄萎病和炭疽病等。
