芹菜保护地栽培主要病害有芹菜斑枯病和叶斑病，以叶，茎危害为主。防治措施：
1、种子处理－－采用温水浸种法，将种子置48-500C温水中，并加以搅拌，30分钟后转用冷水浸20分钟，滤出晾干播种，可杀死种子上的病菌。
2、实行轮作－－这两种病菌均可在士壤中存活，实行2-3年轮作可减轻发病危害。
3、控制温度－－白天一般控制在15-200C，高于200C应通风，夜间控制在10-150C，缩小昼夜温差，减少结露。
4、摘病叶－－发病初期，将发病株的病叶和底部老叶摘除，带出棚外深埋，防止传染。
5、合理密植－－科学灌水，栽培密度要适宜，不能过密，灌水要避免大水漫灌，防止棚内温度过大，引起病害的发生和流行。
6、药剂防治－－为了不增加棚内温度，常采用烟雾剂或粉尘剂防治，每亩用45%百菌清烟剂0.23千克，或5%百菌清粉尘剂1千克。
