甜菜种根贮藏期达200—220天，在这7个多月的时期里，必须创造适宜的环境条件，保证种根不冻不热，处于良好的休眠状态，以减少根体营养消耗和安全通过春化阶段，为来年采种打好基础。窖藏期间的适宜温度是0℃—2℃，适宜的湿度为85%—95%，如果窖温过高，轻则种根发芽过长，消耗养分，重则腐烂变质，造成严重损失；窖温过低，种根易受冻，腐烂变质。现介绍几种实用的甜菜贮藏方式：
一、临时贮藏
临时贮藏，是指种根收获后到入冬窖藏前这段时间的田间或窖外假贮。因为种根收获后，新陈代谢旺盛，气温较高，窖温也较高，如果种根收获后立即入窖，会使窖温更高，致使种根发芽，甚至造成腐烂变质。在田间或窖外假贮30天左右，可以逐步降低种根的呼吸强度，使受冻或萎蔫种根显现出来，以便在入冬窖藏时将这些种根淘汰掉，而健康的种根已处于休眠状态，也有利于保证窖藏质量。
当天起收当天修削好的种根，需要当天进行临时贮藏。如果种根地离窖较近，可以在田间就地假贮；如果种根地离窖较远，最好立即运往种根窖旁，在窖外假贮。临时贮藏的方法很简单，挖一条深30—50cm，宽70—100cm的沟，沟的长度视种根多少而定，将种根堆贮沟内，堆高70—100cm，呈半圆形，然后在种根堆上覆15—20cm厚的土即可。
二、越冬贮藏
大地封冻前，田间临时贮藏的种根需要及时运入种根窖内进行越冬贮藏。根据种根的用途，越冬窖藏有两种方式：原种种根，一般采用永久式种根窖贮藏：生产用种种根，一般采用简易式种根窖贮藏。
1.永久式种根窖贮藏。
这种窖不仅可以大量贮藏种根，而且便于单株检糖作业。因此，我国各地甜菜育种部门和糖厂原种站均采用永久式种根窖贮藏种根。
①种根窖的规格：窖宽8—12m，高3.5m左右，长度可根据需要进行确定。窖顶每隔3—5m设一通风孔。窖内中间作通道和选种根场地，两侧用水泥板隔成小室。
②种根入窖：种根入窖前，需要把窖清理干净，并用硫磺进行熏蒸消毒。入窖时打开临时贮藏堆，严格淘汰冻害根和严重萎蔫根，发芽过长的种根需要重新修削。将优良的种根装袋运入窖内，按不同的品种、品系等分别装入不同小室，切勿混杂。堆内设测温筒，以便观测堆内温度。堆项应覆盖湿润沙子，防止种根萎蔫失水。
③种根窖的管理：刚入窖的种根，呼吸作用仍较旺盛，堆温及窖温均易增高，应及时通风散热。期间外界温度变化大，窖温常随外界温度变化而变化。窖温的提高常影响湿度变化，应注意调节窖内湿度，一般要求窖内湿度保持在90%—95%。随着外界温度的不断降低，入窖15天后窖温才可能逐步稳定。窖温一般在2℃左右，堆温在3℃左右。进入12月，窖温在1℃左右，堆温在2℃左右。1—2月，窖温可降至0℃左右，堆温1℃左右。
2.简易式种根窖贮藏
简易式种根窖俗称闷窖，是一种地下式土窖，适于生产用种种根的贮藏。
①闷窖的规格：一般深2m，宽1m，长5米。
②种根入窖：入窖前先将窖内打扫干净，窖底撒施少量的生石灰粉消毒。将优良的种根装入闷窖，堆高1.3—1.5m，上面摆平，覆上厚5—10cm的湿润沙子。然后在窖顶铺上高粱秸秆或玉米秸秆，最后覆土封窖。
③闷窖的管理：一是窖温观测：一般每10—20个窖设一个观测窖，每日测定窖内空间温度和种根堆内温度。入窖后窖内空间温度，一般随外界温度变化而变化，种根堆内温度一开始会逐渐上升，约10天后又逐步下降。二是窖温管理：入窖初期，严防堆温上升过高（4℃以上），避免发芽和腐烂。其方法是利用通风口调节窖温，20天左右若窖温降至1℃—2℃，说明窖内温度已经正常，可以封闭通风口。
