食用仙人掌一般不易染病，但植物界常见的病虫害如：红蜘蛛、介壳虫、线虫等等，都能对仙人掌构成威胁。一旦发现虫害，要及时捕捉，或用1/200敌杀死，或40%乐果1000倍稀液（须视其纯度）喷杀，对杀死这些害虫效果很好。
仙人掌的病害有金黄斑点病、凹斑病及赤腐病等，这些病害在我国大部分地区并不严重，可定期喷含量75%百菌清1/800(或含量50%多菌灵)，或含量70%甲基托布津１/600喷露预防。对于刚刚种植后的仙人掌种片，必须每天仔细观察，发现腐烂严重者，要及时拔出，用利刃削掉腐烂部分，切口用50%多茵灵800倍化液或70%甲基托布津600倍化液浸泡一分钟消毒后，放在干燥的地方晾晒5-7日重新定植。
无论虫害、病害均应遵循”防重于冶”的方针。及时清除杂草，定期喷药（每20天一次），定期疏松土壤。因湿度与温度的变化，时而太潮湿，时而太干燥，温度忽高忽低，都会促进病菌和虫害的滋生。要加强管理，改善栽培环境，消除害虫及病菌的滋生条件，做到防患于未然。
