温室番茄在栽培过程中极易出现畸形果，如尖顶果、桃形果和指形果等，使番茄商品价值降低。原因：①花芽分化和发育时遇到连续5～6℃或3～4℃的低夜温，易产生畸形果，冬春茬西红柿1～2穗果易畸形多是此原因造成；②苗龄拉长，低温或干旱持续时间长，幼苗处在抑制生长条件下，花器易木栓化，后转入适宜条件下，木栓化组织不能适应组织的迅速生长，则形成裂果，籽外露果或疤果；③偏施氮肥，氮肥过多致使花芽过度分化，心室数目增多，形成多心室畸形果；④使用激素不当造成，为防止番茄落花落果，常采用2，4-D或番茄蘸花，但浓度掌握高，重复蘸花。蘸花时温度高，土壤干旱等均产生畸形果，花未开展时蘸花易产生空洞果。另外，秧苗发生徒长时，使用植物生长调节剂浓度大或次数多，使秧苗控住，再蘸花时也易产生畸形果。
防治方法①加强苗期管理。培育适龄壮苗，幼苗破土后宜控制日温20～25℃，夜温13～17℃，保持土壤潮湿，育出节间短，60天左右的适龄壮苗；②1～3穗果的第一果易形成畸形果，应在蘸花前疏掉；③加强肥水管理。施肥时应氮、磷、钾配合，采用配方施肥，切忌偏施氮肥。同时根据植株长势、长相、天气和需水规律进行浇水，切忌忽干忽湿；④蘸花以当天完全开放的花为最佳时机，即开即蘸，在药液中加入红广告色或墨汁作标记，以免重复蘸花，上午11点以前结束蘸花工作。由于2，4-D没有番茄灵稳定，使用2，4-D宜采用持花萼和花柄的方法。配制蘸花药液要根据温度灵活配制，温度高时，浓度小些，温度低时，浓度大些，2，4-D（10～20）×10E-6，番茄灵（20～50）×10E-6；⑤合理使用生长调节剂，秧苗出现徒长即营养生长过旺，勿过分采用降温、干旱控苗或滥用生长调节剂等措施，应在加强通风，适当控湿的基刑上，喷施康培1号1～2次即可（浓度按说明）。
