日光温室定植可先施好底肥，每667平方米施优质腐熟农家肥5000～7500千克，另加入磷肥100千克，碳酸氢铵25千克，翻耕整地作畦，畦宽1～1.2米，东西延长，中柱前面可作成南北向畦。浇透水后按10厘米株行距穴栽，每穴2～3株，大小苗分开栽植，大苗栽前排，小苗栽后排。栽时不要埋住心叶。栽后浇水。1～2天后再浇一次缓苗水，以后再浇水3～4次，心叶变绿时开始松土蹲苗，株高15厘米时开始追肥、浇水。每667平方米施入硝酸铵20千克或硫酸铵30千克，每3～5天浇一水，第一次追肥后20天再追第二次。
霜冻前要将棚盖好，开始时注意通风，以后随着外界气温不断下降，再加盖草苫、纸被等保温防寒，白天保持20℃，夜间13～17℃，严冬室内气温也不应低于5℃，且应减少浇水次数。只在浇冻水时重施一次肥料，扣棚后一般不再追肥。等到第二年天气转：暖后再加强肥水管理。
定植后60天即可进行采收，一般一月劈收一次，每株每次2～3片大叶，每次收后均应加强管理，提高室温，可提到25～27℃，以促进伤口愈合，增加根系吸收能力，7～10天转入正常管理，降温浇水，并随水施入硝酸铵25千克，以后每隔10～15天浇水一次。到了准备结束栽培的时候，可一次收完。
芹菜病虫害防治也很要紧。一个是叶枯病，也叫斑枯病，或晚疫病。设施栽培中发生较重。叶片发病初期呈浅黄色水渍状圆形或近圆形小病斑，后相互融合成不规则块斑，以后变成灰白色，散生小黑点。可用55℃温水浸种10分钟。发病初期喷洒1～0.5：160：200倍波尔多液或代森锌800倍液，7天一次，连用3～4次，防治效果较好。
另一种病害是早疫病，即斑点病。叶片上先发生黄绿色水浸状小斑点，后变成褐色，叶顶部和基部发生圆斑或条斑，后变成褐色凹陷，潮湿时产生白霉。此病菌在种子、土壤和病株上越冬，借风雨传播。夏秋高温高湿，设施栽培放风不及时，均会使病害流行。防治方法同芹菜斑枯病。
