栽培万能对保护设施缺乏必要的了解，以为有了保护地，随时随地都可进行蔬菜栽培，盲目提前种植或追求反季节栽培，常常导致冻害、高温伤害等，得不到预期的生产效果，有的甚至导致保护地栽培不如露地的。保护地只能适当地增温或降温，保护地内一般有较弱光、湿度大、土壤盐渍化严重等缺点，保护地内的品种选择、温湿度管理、追肥浇水、病虫防治都有一些特殊要求和规律，因此栽培并不是万能的。
定植过密有的是因为设施投入过大，想通过提高定植密度等措施来达到提早上市、提高产量，从而提高经济效益的目的，事实上，这是不对的。保护地内水肥充足，湿度大，温度较高，相同品种在保护地内的生长势强。定植密度偏大时常造成田间郁闭，通风透气差，容易诱发病害的发生。因此，同样的品种与露地相比，光照相对较差，定植密度应较露地小。
忽视微肥有些菜农往往重视大量元素的施用，轻视或根本不进行微量元素的补充，这是不行的。保护地是相对封闭的生产环境，长期缺乏微量元素的补充，很容易诱发生理性病害，而易被认为是细菌性或真菌性、病毒性病害，用化学药剂治疗无济于事。蔬菜施肥应以提高土壤肥力、降低硝酸盐含量、改善蔬菜品质和提高产量为原则。以有机肥为主，推广配方施肥，做到控氮、稳磷、增钾，提倡使用生物有机肥、复合肥、蔬菜专用肥，有针对性地施用微肥。适时适量使用氮肥，不过量施肥，收获前20天禁止施用化学肥料等等。
滥用激素植物激素及植株生长调节剂在调节蔬菜生长、防止果菜类的徒长、促进生根、培育壮苗、控制瓜类性别分化、防止落花落果、控制果实发育成熟、增强抗性及贮藏保鲜等方面的应用起着较大的作用，因而广泛应用于瓜类、豆类、绿叶类、茄果类等多种蔬菜。但生产中往往存在激素使用不当，浓度过大、使用时期不当或多次重复使用滥用，都会对蔬菜生产造成损失，如低温期坐果激素使用浓度偏大，易导致畸形果发生等。因此，要在了解其作用机理的情况下，掌握其浓度、使用时期、使用次数等。无公害蔬菜、绿色蔬菜一般情况下不主张使用，而有机蔬菜是禁止使用的。
管理欠佳缺乏对温、光、水、气等环境条件的科学控制技术。冬季生产用温室保温效果差，夏季保护地遮阴、通风条件差、温度管理过高或过低、阴天浇水过量、根茎周围土壤板结、环境湿度大等，均不利于植株的生长和开花结果。生产上应抓住其重点，“一日三看大棚”，如越夏保护地栽培从播种开始，全程保护栽培，防暴雨、防高温、防虫害、防强光等，而越冬蔬菜栽培，主要应做好保温增光降湿等工作。气温超过30℃以上，或低于10℃以下，均要特别注意管理。
连作严重保护地的建造和生产投入高，为了尽快收回成本，种植者常常利用保护地的设施，连年种植一种作物，地力得不到恢复，最终导致各种病害加重、产量降低、品质下降，以致不能进行生产。蔬菜同科作物，一般忌连作，与同科作物连作的时间间隔至少两年。在保护地内，因无严冬酷暑，病菌虫卵繁殖快、数量多，更需实行轮作倒茬，一般轮作期为3~4年。轮作倒茬原则上以一种高产高效的作物为主茬，轮作换茬要有利于控制病虫害、提高土壤肥力，注意生物间的相生相克，尽量使前后茬作物、相邻间作作物发挥互利或偏利作用，也可利用作物与杂草的相克作用控制病虫草害的发生。
利用不足这是对设施栽培利用的又一个极端，有的仅用于蔬菜育苗，有的仅用于早春一季栽培，还有的设施仅起到一个搭架爬蔓的作用，不注重“两网一膜”等配套设施的应用。用防虫网防虫，用杀虫灯杀虫。遮阳网夏秋季节可遮阴降温防虫、冬季可保温，而塑料薄膜可增温、保温、增湿、防雨等，目的是创造适宜蔬菜生长的环境条件，防止病害发生和害虫侵染，减少农药使用。如生产优质无公害蔬菜、小拱棚套地膜等秋延后栽培、越冬保护地栽培等都可用到设施栽培，从而使许多蔬菜实现周年生产、周年供应，取得较好的经济效益。
